Из семьи врача. В 1905-1906 гг. студент социологического факультета Высшей вольной школы лаборатории профессора П.Ф. Лесгафта. В 1907-1910 гг. студент дальневосточного отделения историко-филологического и юридического факультетов Петербургского университета. Экстерном закончил юридический факультет Харьковского университета. В 1911-1912 гг. студент Практической Восточной Академии. В 1910-1918 гг. регистратор коллекций, младший хранитель, в 1918-1934 гг. заведующий отделом мусульманских народов Средней Азии МАЭ, в 1941-1946 гг. заведующий отделом Передней и Средней Азии ИЭ АН СССР. В 1918-1931 гг. действительный член КИПС. В 1934-1964 гг. старший научный сотрудник ИЯМ / ИЯ АН СССР. В 1930-1938 гг. доцент ЛВИ, ЛИФЛИ. В 1938-1949 гг. профессор ЛГУ. 29.04.1933 присуждена степень доктора лингвистики без защиты. Опытный полевой исследователь.
Сфера научных интересов: История и этнография народов Центральной Азии; история и этнография ираноязычных народов; языки, фольклор.
Основные публикации:
• Обувь горных таджиков долины Бартанга // Сборник МАЭ. 1916. Т. 3. С. 89-92;
• Материалы и заметки по этнографии горных таджиков: долина Бартанга // Сборник МАЭ. 1918. Т. 5. Вып. 1. С. 97-148;
• Список народностей Туркестанского края. Л., 1925. 24 с. (Труды КИПС. Т. 9);
• Население Самаркандской области. Л., 1926. 34 с. (Труды КИПС. Т. 10);
• Отчет об этнологических работах в Средней Азии летом 1926 г. // Известия АН. Серия VI. Л., 1927. № 5-6. С. 351-360;
• Рождение шугнанского ребенка и его первые шаги // В.В. Бартольду — туркестанские друзья, ученики и почитатели. Ташкент, 1927. С. 362-373;
• Воршикское наречие канджутского языка. Очер¬ки по диалектологии Гиндукуша. Л., 1927. 90 с.;
• Список народностей СССР. Л., 1927. 50 с. (Труды КИПС. Т. 13);
• К характеристике мунджанского языка (Из материалов по иранской диалектологии) // Иран. Л., 1927. Т. 1. С. 111-200;
• Очерк разговорного языка самаркандских евреев: опыт характеристики: Материалы // Иран. Л., 1928. Т. 2. С. 95-181;
• К изучению белуджского языка и фольклора // Записки Коллегии востоковедов. Л., 193. Т. 5. С. 653-679;
• Белуджские сказки // Труды ИВ АН СССР. Т. 4, Л., 1932. 135 с.;
• Бартангские и рушанские тексты и словарь. М.; Л., 1937. 96 с.;
• Шугнанские тексты и словарь. М.; Л., 1960. 387 с.
О нем:
• Зарубин И.И. // Этнография. 1926. № 1-2. С. 328;
• Гафферберг Э.Г., Кисляков Н.А. И.И. Зарубин — этнограф и музейный работник // Иранский сборник: К 75-летию профессора И.И. Зарубина. М., 1963. С. 17-21;
• Биобиблиографические очерки о деятелях общественных наук в Узбекистане / Сост. Б.В. Лунин. Ташкент, 1976. Т. 1. С. 247-250;
• Рахимов Р.Р. И.И. Зарубин (1887-1964) // СЭ. 1989. № 1. С. 111-121.